ويكي بيانات:مشروع ويكي علم الأحياء الدقيقة/خصائص
خصائص مقبولة
صبغة غرام
في الأنساب بدائية النواة يمكن أن يكون لديك غرام +/- اعتمادا على نوع جدار الخلية، الخاصية غير متوفرة حاليا لتلوين غرام ولكن صفحات العناصر موجودة والتي يمكن ربطها، إذا كانت الصفحة موجبة الغرام فستكون Q857288 وبالنسبة لسلبية الغرام، تكون الصفحة Q632006
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Property:P2597 | Gram staining | item | Gram positive Q857288
Gram negative Q632006 |
تسمية الكائنات
هناك نقاش مطول يدور في صفحة "موافقة" PhenoBot حول كيفية تسمية الميكروبات، وأعتقد أن هذه المناقشة المحددة يجب أن تستمر إما هناك أو في منطقة عامة أخرى.
خصائص الكائنات العامة
هنا قائمة بالخصائص العامة التي يمكن استخدامها للميكروبات والكائنات الحية الأخرى.
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Property:P105 | taxon rank | item | Family, Genus, Species items see full list below |
| Property:P685 | NCBI Taxonomy ID | item | Should theoretically always be there |
| Unknown | UniProt Taxonomy ID | String | External reference |
| Unknown | NCBI Bioproject ID | String | External reference |
| Property:P225 | taxon name | String | Name matching the given taxon identifier |
| Property:P171 | parent taxon | item | Should theoretically always be there |
| Property:P31 | instance of | item | Q16521 |
| Unknown | type strain | boolean | which item? Q3707858? |
| Property:P2043 | length | integer | 902320 bp Q21481789 |
| Unknown | GC content | float | with method specified as string? |
السلامة البيولوجية
هذا ممكن مع الخصائص الحالية للسلامة البيولوجية
هناك 4 مستويات للسلامة البيولوجية تبين شدة الاحتياطات اللازمة للعمل مع العوامل البيولوجية، المستوى 1 للسلامة الأحيائية أضعف أشكال الاحتواء وغالبا ما يتم تخصيصه للكائنات الحية غير الضارة بشكل جيد بينما المستوى 4 للسلامة الأحيائية هو لأكثر الكائنات المسببة للأمراض مثل فيروس الإيبولا.
الخاصية المستخدمة للسلامة الأحيائية هي المعرفة بالفعل P1604 مع المستويات المقابلة 1 وQ18396533 2 و3 Q18396535 و4 Q18396538 ...
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Property: P1604 | biosafety level | item | Level 1 Q18396533
Level 2 Q18396535 Level 3 Q18396538 Level 4 Q18396539 |
المرضية
ليس هذا ممكنًا مع خصائص ويكي بيانات
هذا يتشابك مع السلامة الحيوية بالمعنى البيولوجي، إذا كان الكائن الحي ممرضا، فمن الأرجح أن مستوى السلامة الحيوية ليس 1 ولكنه قد لا يُعرَف بعد المستوى الآخر الذي ينتمي إليه، ومع ذلك، فمن المعروف على الأرجح أنها مسببة للأمراض إلى النباتات والحيوانات و/أو للبشر.
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Unknown | Pathogenic to | item | Pointing to the corresponding organisms most likely via the taxon identifiers |
ظروف النمو
القدرة على الحركة
ليس هذا ممكنًا مع خصائص ويكي بيانات
يمكن وصف قدرة الكائن الحي على التحرك عفويا وبنشاط باستخدام عبارات مختلفة
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Unknown | Motility | item | Chemotactic (Chemotaxis) Q658145
Motile Q3359 Nonmotile (not yet found) |
البيئة
ليس هذا ممكنًا مع خصائص ويكي بيانات
قد يحتاج هذا القسم إلى مزيد من التوسع والفصل لأن البيئة نطاق واسع جدا لما هو ممكن، بالنسبة للكائنات الحية الأصغر، يمكن أن تكون على سبيل المثال التربة والمحيطات، ولكن أيضا الإنسان أو الأمعاء الغليظة لحيوانات معينة، يمكن تحديد البيئة بشكل أكبر عند وجود هذه المعلومات، لإعطاء مثال; هذه هي البيئات المحددة لعدد معين من الأنواع وهي مجرد لقطة لمجموعة البيانات التي يمكن دمجها في وب.
| 2804 | soil with plant residues |
| 2617 | soil |
| 188 | spacecraft-associated clean room class ISO 8, Herschel Space Observatory |
| 152 | unknown |
| 140 | seawater |
| 138 | marine sediment |
| 118 | soil with lime pebbles and plant residues |
| 114 | forest soil |
| 113 | soil with plant residues and lime pebbles |
على سبيل المثال أحد الشروط للكائنات الأصغر يمكن أن تكون الملوحة مما يدل أساسا على كمية الملح في الماء.
مدى درجة الحرارة
ليس هذا ممكنًا مع خصائص ويكي بيانات
يُوصَف حاليا مدى الحرارة الذي يمكن للكائن الحي أن يعيش فيه أربع مجموعات مختلفة (hyperthermophilic، أليف الاعتدال، محبات البرودة، أليف الحرارة) لا يتم تعريف الخاصية حاليا لتخزين مجموعة يمكن أن يزدهر كائن حي فيها.
صفحات البنود الحالية لا تزال تفتقر إلى معلومات صحيحة بشأن مدى درجة الحرارة التي يمكن أن تضاف إذا تم تعريف هذه الخواص
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Unknown | Temperature optimum | integer | Optimal temperature for organism under normal conditions |
| Unknown | Temperature minimum | integer | Minimum temperature for organism under normal conditions |
| Unknown | Temperature maximum | integer | Maximum temperature for organism under normal conditions |
| Unknown | Temperature range | item | Hyperthermophile Q1784119
Mesophile Q669652 Psychrophile Q913343 Thermophile Q834023 |
متطلبات الأكسجين
ليس هذا ممكنًا مع خصائص ويكي بيانات
لا يمكن لجميع الكائنات البقاء على قيد الحياة مع أو بدون الأكسجين ويتم تعريف هذه التعاريف حاليا من قبل بعض الموارد:
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Unknown | Oxygen requirement | item | Anaerobic Q189790
Aerobic Q193124 Microaerophilic Q548321 Facultative Q5428855 Facultative anaerobe Q1091848 Microaerophilic Q548321 Obligate aerobe Q7075150 Obligate anaerobe Q2915932 |
Oxygen requirement
| Description | Requirement of oxygen for micro-organisms |
|---|---|
| Data type | Item |
| Domain | taxon (Q16521) AND strain (Q855769) |
| Allowed values | anaerobic organism (Q189790) OR aerobic organism (Q193124) OR microaerophile (Q548321) OR Facultative (Q5428855) OR facultative anaerobic organism (Q1091848) OR microaerophile (Q548321) OR obligate aerobe (Q7075150) OR obligate anaerobe (Q2915932) |
| Example | Pseudomonas putida KT2440 (Q21079489) → aerobic organism (Q193124) |
| Robot and gadget jobs | We are planning this to use in bots that add phenotypic characterisations |
- Motivation
Micro-organisms can grow under various oxygen conditions. Some can grow only with oxygen while others can only grow without. Between these two there is a range in which organisms can grow partially with or without oxygen. These phenotypic characterisations are of utmost interest for further characterising bacteria. jjkoehorst (talk) 06:54, 9 March 2016 (UTC)
- Hi, This is my first contribution, so I apologize in advance if this is the wrong place. I also agree that this property should be added. Especially because it maps to a metadata from the Minimal Information about any sequences (MIxS) described [١]https://genomicsstandardsconsortium.github.io/mixs/0000015/ and with the following authorized values: [٢]https://genomicsstandardsconsortium.github.io/mixs/RelToOxygenEnum/.
- That being said, the values can all be mapped back to the Ontology of Prokaryotic Phenotypic and Metabolic Characters [٣]https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/micro
- Example:
- Anaerobic Q189790: anaerobe [٤]http://purl.obolibrary.org/obo/MICRO_0001517
- Microaerobe Q548321: microaerobe [٥]http://purl.obolibrary.org/obo/MICRO_0001515
- Best,
- Charlie Lhippovert (talk) 13:55, 30 January 2023 (UTC)
- Discussion
الملوحة
ليس هذا ممكنًا مع خصائص ويكي بيانات
حاليا هناك 4 أنواع من التكيفات الموصوفة للكائنات الدنيا والعليا (مثل السمك في الغالب)
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Unknown | Salinity type | item | Euryhaline Q2630188
Halophile Q946633 Halotolerance Q1529024 Stenohaline Q2853549 |
الأس الهيدروجيني
ليس هذا ممكنًا مع خصائص ويكي بيانات
تعريف مدى pH (Q40936) لكائن معين.
| الخاصية | التسمية | نوع البيانات | القيمة المتوقعة |
|---|---|---|---|
| Unknown | pH optimum | item | Optimal pH for organism under normal conditions |
| Unknown | pH minimum | item | Minimum pH for organism under normal conditions |
| Unknown | pH maximum | item | Maximum pH for organism under normal conditions |
الموقع الجغرافي
هناك معلومات متاحة على مستويات معينة، أحيانا تكون هناك معلومات قطرية ومعلومات قارية وأحيانا هناك إحداثيات GPS، سأقوم بنشر لقطة سريعة عن كيفية ظهور هذه المعلومات.