Wikidata:Bases de Datos Biociencias/NAR
La Colección NAR[edit]
The NAR online Molecular Biology Database Collection es una base de datos tradicional para Bioinformática y Biología Molecular, que abarca temas de biología molecular, en especial ácidos nucleicos. Es una colección de bases de datos de acceso abierto y online. Cada año es actualizada en el primer número especial de la revista Nucleic Acids Research. El número completo puede ser consultado abiertamente en línea en el sitio web de Nucleic Acids Research[1].
Sistema de clasificación[edit]
La Colección NAR utiliza un sistema de clasificación de las bases de datos donde se organizan las bases de datos en categorías y subcategorías. Cada categoría agrupa las bases de datos sobre un tema específico. Algunas bases de datos no están asignadas a ninguna categoría y otras bases de datos están asignadas a múltiples categorías. La edición del año 2022 contó con 1645 registros de bases de datos que se clasificaron en 15 categorías y 43 subcategorías[2], sumando un total de 58[3]. El detalle de las categorías y subcategorías se muestran en la siguiente tabla:
| Categoría | Subcategoría | ||
|---|---|---|---|
| Nucleotide Sequence Databases | Q111700733 | International Nucleotide Sequence Database Collaboration | Q111893316 |
| Coding and non-coding DNA | Q111700940 | ||
| Gene structure, introns and exons, splice sites | Q111700951 | ||
| Transcriptional regulator sites and transcription factors | Q111701052 | ||
| RNA sequence databases | Q111701068 | Coding and non-coding DNA | Q111700940 |
| Protein sequence databases | Q111702267 | General sequence databases | Q111702297 |
| Protein properties | Q111702352 | ||
| Protein localization and targeting | Q111702456 | ||
| Protein sequence motifs and active sites | Q111702535 | ||
| Protein domain databases; protein classification | Q111702612 | ||
| Databases of individual protein families | Q111702644 | ||
| Structure Databases | Q111702706 | Small molecules | Q111702758 |
| Carbohydrates | Q111702952 | ||
| Nucleic acid structure | Q111703053 | ||
| Protein structure | Q111703120 | ||
| Genomics Databases (non-vertebrate) | Q111780038 | Genome annotation terms, ontologies and nomenclature | Q111780056 |
| Taxonomy and identification | Q111780071 | ||
| General genomics databases | Q111780132 | ||
| Viral genome databases | Q111780269 | ||
| Prokaryotic genome databases | Q111780295 | ||
| Unicellular eukaryotes genome databases | Q111780325 | ||
| Fungal genome databases | Q111780731 | ||
| Invertebrate genome databases | Q111780960 | ||
| Model organisms, comparative genomics | Q111780966 | ||
| Metabolic and Signaling Pathways | Q111781029 | Enzymes and enzyme nomenclature | Q111781363 |
| Metabolic pathways | Q111781370 | ||
| Protein-protein interactions | Q111781380 | ||
| Signalling pathways | Q111781396 | ||
| Human and other Vertebrate Genomes | Q111781495 | Invertebrate genome databases | Q111801348 |
| Model organisms, comparative genomics | Q111847165 | ||
| Human genome databases, maps and viewers | Q111847166 | ||
| Human ORFs | Q111847167 | ||
| Human Genes and Diseases | Q111847430 | General human genetics databases | Q111847737 |
| General polymorphism databases | Q111847739 | ||
| Cancer gene databases | Q111847741 | ||
| Gene-, system- or disease-specific databases | Q111847743 | ||
| Microarray Data and other Gene Expression Databases | Q111848071 | ||
| Proteomics Resources | Q111848226 | ||
| Other Molecular Biology Databases | Q111848406 | Drugs and drug design | Q111848431 |
| Molecular probes and primers | Q111848432 | ||
| Organelle databases | Q111890953 | Mitochondrial genes and proteins | Q111890970 |
| Plant databases | Q111891597 | General plant databases | Q111892255 |
| Arabidopsis thaliana | Q111892256 | ||
| Rice | Q111892258 | ||
| Other plants | Q111892259 | ||
| Immunological databases | Q111892944 | ||
| Cell biology | Q111892888 | ||
Proyecto NAR database[edit]
El proyecto NAR databases es un proyecto colaborativo y multidisciplinario que es investigado y desarrollado en el Laboratorio de Bioinformación de la Facultad de Ciencias, UNAM. Es un subproyecto del wikiproyecto Bases de datos de Biociencias. Consiste en recopilar, analizar y curar las bases de datos de la Colección NAR para disponerlas en un formato amigable y abierto al público para que sean fácilmente encontradas y usadas por la comunidad que trabaja con biociencias.
Curación de bases de datos de la Colección NAR[edit]
La curación consistió en gestionar la información disponible, esto implicó la búsqueda, adquisición, recolección, almacenamiento, recuperación, edición, transformación, agregación, verificación, evaluación, selección, distribución y difusión de la información relacionada con la Colección NAR.
La información gestionada se utilizó para registrar las bases de datos como ítems en wikidata
Para relacionar las entradas indexadas de la Colección NAR se utilizó la propiedad Descrito por la fuente (P1343) > The NAR online Molecular Biology Database Collection (Q110211927) > agregar referencia > url de la referencia (por ejemplo, https://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/1458)
Además de wikidata se utilizó Hypothes.is[4] para hacer anotaciones de las bases de datos curadas bajo las etiquetas: #NARdb, #Biodatabases o #wikidata.
Ejemplo de un registro curado de la Colección NAR[edit]
Resultados preliminares[edit]
Al tratarse de un proyecto en curso todos los días hay actualizaciones en los registros de bases de datos en ambas herramientas.
La siguiente consulta permite ver los registros de las categorías y subcategorías de la Colección NAR en Wikidata https://w.wiki/59DZ
La siguiente consulta permite ver cuántos registros de la Colección NAR han sido curados en Wikidata https://w.wiki/58cD
Las anotaciones en Hypothes.is se pueden consultar en el siguiente enlace:https://hypothes.is/search?q=%23NARdb+%23Biodatabases+%23wikidata
Se espera que al término del proyecto se tengan disponibles y reunidas todas las bases de datos de la Colección NAR en wikidata e Hyphotes.is, y que estas puedan ser consultadas abiertamente.
Información adicional[edit]
Para consultar más detalles acerca de este proyecto se puede consultar la página oficial del proyecto: https://lmichan.github.io/NAR-database/
Para agregar nuevos registros a la base de datos NAR se pueden seguir las instrucciones de la sección ¿Cómo contribuir?