Phylogenomic analyses of echinoid diversification prompt a re-evaluation of their fossil record (Q111509628)
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article scientifique (2022)
| Langue | Libellé | Description | Également connu comme |
|---|---|---|---|
| français | Phylogenomic analyses of echinoid diversification prompt a re-evaluation of their fossil record |
article scientifique (2022) |
|
| anglais | Phylogenomic analyses of echinoid diversification prompt a re-evaluation of their fossil record |
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Déclarations
Phylogenomic analyses of echinoid diversification prompt a re-evaluation of their fossil record (anglais)
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22 mars 2022
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34 page
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11
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1-34
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e72460
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transcriptomic datasets were trimmed or excluded using quality scores with Trimmomatic v. 0.36 (Bolger et al., 2014) (anglais)
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adapters were removed with BBDuk (https://sourceforge.net/projects/bbmap/), and UrQt v. 1.0.18 (Modolo and Lerat, 2015) (anglais)
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Datasets were then assembled using MEGAHIT v. 1.1.2 (Li et al., 2015) (anglais)
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As a final sanitation step, gene trees were obtained using ParGenes v. 1.0.1 (Morel et al., 2018), (anglais)
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Trees were then used to remove outlier sequences with TreeShrink v. 1.3.1 (Mai and Mirarab, 2018). (anglais)
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Coalescent-based inference was performed using the summary method ASTRAL-III (Zhang et al., 2018) (anglais)
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Among concatenation approaches, we used Bayesian inference under an unpartitioned GTR + G model in ExaBayes v. 1.5 (Aberer et al., 2014). (anglais)
IQ-TREE anglais
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the fast-relaxed clustering algorithm was used to find the best-fitting model among the top 10% using IQ-TREE v. 1.6.12 (Nguyen et al., 2015; Kalyaanamoorthy et al., 2017) (anglais)
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For the latter, we used the LG4X + R model in RAxML-NG v. 0.5.1 (Kozlov et al., 2019) (anglais)
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